Une équipe internationale de chercheurs vient de publier dans Nature la plus grande étude jamais réalisée sur l’impact des pesticides sur la vie des sols en Europe. Un travail colossal qui nous oblige à regarder ce qui se passe sous la surface de nos champs.
Une enquête à l’échelle d’un continent
Pour mener cette étude, les scientifiques ont analysé des échantillons de sol prélevés sur 373 sites répartis dans 26 pays européens. Des grandes cultures céréalières aux vignobles, des prairies extensives aux forêts, tous les types d’écosystèmes ont été passés au crible.
Grâce à des techniques de pointe — le métabarcoding ADN et la métagénomique — les chercheurs ont pu identifier et quantifier une diversité impressionnante d’organismes : des archées aux bactéries, en passant par les champignons, les protistes, les nématodes et les arthropodes. Au total, six grands groupes taxonomiques et neuf groupes fonctionnels ont été étudiés, ainsi que 48 familles de gènes impliqués dans les cycles du carbone, de l’azote et du phosphore.
Ce qu’ils ont découvert est frappant
Des résidus de pesticides ont été détectés dans 70% des sols étudiés. Au total, 63 molécules différentes ont été retrouvées — dont 10 pourtant interdites d’utilisation dans l’Union européenne depuis 2018. Parmi les plus fréquentes : le glyphosate et son métabolite l’AMPA, suivis du boscalid, du pendiméthaline et de l’époxiconazole. Sans surprise, la majorité des pesticides détectés sont des fongicides (54%), devant les herbicides (35%) et les insecticides (11%).
Pourquoi c’est important ?
En croisant les données de contamination avec les données de biodiversité, les chercheurs ont montré que les pesticides constituent le deuxième facteur le plus déterminant de la biodiversité souterraine, juste après les propriétés physiques du sol. Plus que le climat. Plus que le type de végétation. Dans les terres cultivées, les concentrations de pesticides expliquent jusqu’à 29,5% de la variation observée dans les communautés d’organismes du sol.
Plus parlant encore : pour la richesse en champignons, les pesticides sont le facteur numéro un, expliquant à eux seuls 12,3% de la variance.
Les grands perdants ?
Parmi les victimes collatérales, on retrouve les champignons mycorhiziens à arbuscules — ces alliés discrets des plantes qui les aident à puiser eau et nutriments dans le sol. Plusieurs fongicides comme le carbendazime, le fenpropidin et l’époxiconazole sont associés à leur déclin. Les nématodes bactérivores, de minuscules vers qui régulent les populations de bactéries et recyclent la matière organique, sont également touchés, notamment par l’herbicide pendiméthaline.
L’étude révèle aussi que certains pesticides perturbent les gènes microbiens impliqués dans les cycles de l’azote et du phosphore — des fonctions essentielles pour la fertilité des sols et la nutrition des plantes.
Les gagnants inattendus ?
Certains pathogènes des plantes semblent au contraire profiter de la situation. Le glyphosate, par exemple, est associé à une augmentation des champignons pathogènes, des parasites végétaux et des nématodes herbivores. Un effet indirect qui mérite d’être approfondi.
Au-delà des champs cultivés
Fait notable : les chercheurs ont également retrouvé des pesticides dans les prairies et les forêts voisines des zones agricoles. Les effets sur la biodiversité y sont similaires, ce qui suggère une contamination par dérive ou ruissellement bien au-delà des parcelles traitées.
Le message des chercheurs est clair : les procédures actuelles d’évaluation des risques, basées sur quelques espèces tests élevées en laboratoire (vers de terre, collemboles, nématodes modèles), ne reflètent pas la complexité du monde souterrain. Il est temps d’intégrer les communautés entières d’organismes et leurs fonctions écologiques dans les évaluations réglementaires.
Un travail remarquable porté par Julia Köninger et Maeva Labouyrie, en collaboration avec de nombreux collègues européens.
Article : Köninger, J., Labouyrie, M., Ballabio, C. et al. Pesticide residues alter taxonomic and functional biodiversity in soils. Nature (2026)
